مطالعه شیمی فیزیکی ساختمان لیزوزیم به روش ligand binding
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم
- نویسنده شیرین طریقت پور
- استاد راهنما محمدرضا حسین دخت
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1376
چکیده
پروتئینها فراوان تری مولکولهای آلی در بدن جانداران می باشند. آنزیم ها یکی از مهمترین نوع پروتئینهای کروی می باشند که بعضی از فعالیتهای حیات بدانها وابسته است . لیزوزیم اولین آنزیم شناخته شده است . این آنزیم دارای 129 واحد اسید آمینه در زنجیر پلی پپتیدی و چهار پیوند سیستئین درون زنجیری می باشد. لیزوزیم به دلیل دارا بودن اسید آمینه های باردار توان پذیرش بعضی از لیگاندها را دارا می باشد. در این پایان نامه پیوند شدن یون مس و ماده فعال سطحی کاتیونی، dtab به لیزوزیم، به روش متداول دیالیز تعادلی مورد بررسی قرار گرفته است . روش اسپکتروسکوپی جذبی برای مطالعه پیوند شدن اورانژ ii به لیزوزیم مودر استفاده واقع شده است . تکنیک جدیدی براساس قانون اول فیک برای برهم کنش متیل اوزانژ بعنوان لیگاند با ماکرومولکول ابداع شده اس . این سیستم شبیه به in-vivo بوده و از نظر بیولوژیکی حائز اهمیت است . در بین چهار لیگاند مطالعه شده dtab دو دسته جایگاه اتصال به لیزوزیم را نشان داده است ، یکی ویژه و دیگری تعاونی مثبت ، در حالیکه سه لیگاند دیگر، (مس و اورانژ ii و متیل اورانژ) یک دسته جایگاه تعاونی مثبت برای اتصال به لیزوزیم را نشان می دهند. آنالیز داده ها با توجه به معادله هیل انجام شده است و تعداد جایگاههای اتصال، g ثابت اتصال، k و ثابت هیل، nh برآورده شده است . اثر درجه حرارت بر روی ثابت اتصال مس و متیل اورانژ به لیزوزیم مطالعه شده است و انرژی های آزاد گیبس پیوندی محاسبه شده اند.
منابع مشابه
Ligand Binding: Molecular Mechanics
The force required to rupture the streptavidin-biotin complex was calculated here by computer simulations. The computed force agrees well with that obtained by recent single molecule atomic force microscope experiments. These simulations suggest a detailed multiple-pathway rupture mechanism involving five major unbinding steps. Binding forces and specificity are attributed to a hydrogen bond ne...
متن کاملLigand-binding Residue Prediction
In this chapter, we explore means for predicting protein residues that interact with small molecules. We will motivate the problem by describing potential uses for such information and proceed to discuss methods advanced for prediction. We describe our sequence-based approach and contrast it with another current methodwhich relies on predicted protein structure to help identify ligand-binding r...
متن کاملLigand binding to integrins.
The “integrin” terminology was applied in a 1987 review article (1) to describe a family of structurally, immunochemically, and functionally related cell-surface heterodimeric receptors, which integrated the extracellular matrix with the intracellular cytoskeleton to mediate cell migration and adhesion. The three original b subunits (b1, b2, and b3) identified have now expanded to eight, and th...
متن کاملBiologically vital metal-based antimicrobial active mixed ligand complexes: synthesis, characterization, DNA binding and cleavage studies
Few novel cobalt(II) and copper(II) complexes [M(fmp)3]Cl2, [M(fmp)(bpy)2]Cl2,[M(fmp)(phen)2]Cl2 and [M(fmp)(phen)(bpy)]Cl2 (fmp = 3-furan-2-ylmethylene-pentane-2,4-dione, phen = 1,10-phenanthroline, bpy = 2,2'-bipyridine) have been synthesized andcharacterized by elemental analyses, molar conductance, magnetic susceptibility measurements,IR, electronic, EPR, mass spectra and cyclic voltammetri...
متن کاملStructure-Based Protein-Ligand Binding
This lecture first talked about the uncertainty and dynamics in the protein-ligand docking, and then reviewed some methods for flexible protein-ligand docking. In this subsection, we will talk about the possible uncertainties in crystal structures from X-ray diffraction. Interpretation of X-ray raw data. The raw diffraction data are generally converted to an electron density map by inverting th...
متن کاملLigand binding by TPR domains.
Tetratricopeptide repeat (TPR) domains bind specific peptide ligands and are thought to mediate protein-protein interactions in a variety of biological systems. Here we compare peptide ligand-binding by several different TPR domains. We present specific examples that demonstrate that TPR domains typically undergo little or no structural rearrangement upon ligand binding. Our data suggest that, ...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023